Structura şi statele de personal ale Academiei sunt elaborate şi aprobate de Ministerul Afacerilor Interne la propunerea Senatului Academiei. Structura Academiei include facultăţi, catedre, subdiviziuni (servicii administrativ-auxiliare, învăţământ, planificare şi finanţare, personal şi lucrări de secretariat, bibliotecă, servicii administrativ-gospodăreşti etc.). Facultatea reprezintă unitatea structurală de bază a Academiei care organizează şi efectuează procesul instructiv - educativ, activitatea metodică de cercetări ştiinţifice, elaborează planurile de studii conform profilului şi specializărilor, programelor de studii, materialelor didactice şi metodice. În cadrul Academiei activează următoarele facultăţi:

Facultatea Drept – (învăţământ de zi) - pregăteşte specialişti pentru organele afacerilor interne în baza bugetului de stat.

Facultatea cu frecvenţă redusă  – pregăteşte specialişti pentru organele afacerilor interne în baza bugetului de stat.

Centru de reciclare şi perfecţionare continuă  – reciclarea, recalificarea şi pregătirea cadrelor de conducere pentru organele afacerilor interne.

În cadrul Academiei funcţionează Universitatea de Cultură fondată din iniţiativa conducerii Academiei în anul 1997, obiectivul principal al căreia îl constituie educarea unei personalităţi multilateral dezvoltate la viitorii specialişti în drept cu profil poliţienesc. În Academie activează şi Centrul de cercetări ştiinţifice, care are ca scop asigurarea ştiinţifică şi informativ-analitică a tuturor aspectelor ce ţin de prevenirea şi contracararea criminalităţii, precum şi a măsurilor de îmbunătăţire a activităţii organelor de interne. Centrul de cercetări ştiinţifice are drept sarcini:

• desfăşurarea cercetărilor ştiinţifice fundamentale şi aplicative vizând cunoaşterea stării reale a criminalităţii în Republica Moldova, a cauzelor şi condiţiilor care o determină şi o favorizează;
• efectuarea prognozelor curente şi de lungă durată ce ţin de dinamica criminalităţii în corelaţie cu procesele economice, politice, social-culturale şi de altă natură ce se produc în societate;
• efectuarea expertizei criminologice a proiectelor de legi şi a altor acte normative;
• elaborarea şi înaintarea propunerilor privind strategia şi politica criminologică a M.A.I., precum şi a proiectelor de acte normative vizînd prevenirea şi contracararea criminalităţii;
• planificarea, controlul şi dirijarea activităţii ştiinţifice a Academiei;
• realizarea măsurilor ce ţin de implementarea în activitatea organelor M.A.I. şi în procesul de învăţământ a rezultatelor ştiinţifice obţinute;
• colectarea, acumularea şi difuzarea informaţiei ştiinţifice şi juridice, în scopul familiarizării lucrătorilor M.A.I. şi a profesorilor cu realizările ştiinţifice şi din practica înaintată.